АО Микротехника образовано на базе структурных подразделений ЛНПО «Вектор» в сентябре 1991 года.
20 февраля 1992 года, на основании приказа Минпрома РСФСР № 51, НПО «Микротехника» было реорганизовано в Государственное предприятие «Микротехника».
18 июня 2001года, на основании приказа Российского Агентства по Системам Управления № 165, Государственное Предприятие «Микротехника» переименовано в Федеральное Государственное Унитарное Предприятие «Микротехника» (ФГУП «Микротехника»). Решение Регистрационной палаты Санкт-Петербурга № 3258490 от 01 ноября 2001 года.
28 марта 2003 года, на основании распоряжения Комитета по управлению городским имуществом № 701-р, Федеральное государственное унитарное предприятие «Микротехника» преобразовано в акционерное общество - АО «Микротехника».